تعد أنظمة التهوية المناسبة في مزرعة الدواجن ضرورية للحفاظ على البيئة الداخلية الصحية من خلال إخراج الأمونيا، ثاني أكسيد الكربون، الهواء الراكد والهواء الرطب. تسهم التهوية في إزالة النفايات وضبط درجة الحرارة والرطوبة داخل المزرعة. تشمل أنواع التهوية المختلفة التهوية الطبيعية التي تعتمد على النوافذ والمداخل، والتهوية الميكانيكية التي تستخدم المراوح. يمكن لنظام تهوية مزرعة دواجن مخطط له جيدًا منع تلوث فضاء الهواء، مع حماية ضد العدوى البكتيرية وتقليل فرص الإصابة بالعدوى التنفسية.