Pareizs ventilācijas sistēmas cipu šķūnī ir nepieciešams, lai izslēgtu amoniju, oglekļa dioksīdu, nekustīgu gaisu un mitru gaisu, uzturējot veselīgu iekšējo vide. Ventilācija palīdz noņemt atkritumus un kontrollēt temperatūru un mitrumu šķūnī. Dažādas ventilācijas veidu veidi ieskaita dabisku ventilāciju, kas izmanto logus un ventili, un mehānisko ventilāciju, izmantojot ventiliatorus. Labi plānotu cipu šķūņu ventilācijas sistēmu dēļ tiek novērstas gaisa telpas piesārņojuma riska, vienlaicīgi aizsargājot pret baktēriju infekcijām un samazinot respiratorisku infekciju iespējas.