Geresnio ventilacijos sistemos kiaušinių šiltnamioje yra būtinos, kad išlaikytų amonį, anglies dvidegį, nepajusę oro masas ir drėgmę užkirsti, bei palaikytų sveiką vidinę aplinką. Ventilacija padeda pašalinti atliekas ir kontroliuoti temperatūrą ir drėgmę šiltnamioje. Skirtingi ventilacijos tipai apima gamtinę ventilaciją, kurios naudojama langai ir ventilatoriai, bei mechaninę ventilaciją naudojant vėtrylius. Gerai suplanuota kiaušinių šiltnamio ventilacijos sistema leidžia išvengti oro erdvės taršos, kartu saugia nuo bakterių infekcijų ir mažina respiratoriškų infekcijų riziką.