Memiliki sistem yang efisien untuk pengangkutan kotoran sangatlah penting dalam peternakan ayam. Kotoran dapat menumpuk dengan cepat di kandang ayam dan juga di sangkar, yang dapat menyebabkan kualitas udara buruk, kotoran adalah tempat berkembangnya penyakit, dan tidak ketinggalan, menghasilkan bau yang sangat tidak sedap. Sistem pengangkutan kotoran yang efektif mampu menghilangkan kotoran secara teratur dan efisien. Berbagai jenis sistem pengangkutan adalah: sabuk konveyor, pembersih, dan sistem bilas. Sistem-sistem ini juga dapat diotomatisasi untuk menghemat tenaga kerja dan waktu.