Avea sisteme eficiente pentru eliminarea stercului este extrem de important în creșterea puielor. Stercul se poate acumula foarte repede atât în cagele pentru pui cât și în cușcă, ceea ce poate duce la o calitate aeră proastă, iar stercul reprezintă un teren fertil pentru bolile infecțioase, fără a menționa că produce mirosuri foarte nepriabile. Un sistem eficient de eliminare a stercului poate să elimine stercul în mod regulat și eficient. Diferite tipuri de sisteme de eliminare sunt: bandă transportatoare, sisteme de curățare cu scarpe, și sisteme de spălare. Aceste sisteme pot fi, de asemenea, automate pentru a economisi muncă și timp.